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环境科学和工程系现拥有环境科学与工程一级学科博士点，包括环境科学和环境工程2个二级学科，还拥有环境工程领域工程硕士点。现有教职员28人，教授14人、副教授13人、讲师1人。
在学科建设方面，环境科学和工程系充分发挥中国农业大学农业资源利用和理工学学科的优势，形成了以资源与环境污染的机理、过程、治理与修复等内容为链条的环境科学与环境工程一级学科框架。构成了现有环境微生物学、废物处理与资源化、全球变化生物学、环境污染化学与生态修复、环境生物技术、环境管理和经济学、环境影响评价、环境材料与工程技术等研究方向。其主要特色如下：
（1）环境微生物学：拥有分子生物学技术和稳定同位素技术等国际水准的研究平台，在微生物原位研究技术、土壤分子微生物生态、厌氧微生物过程和生物地球化学等方面已建立了一系列创新性的理论和方法。特别在土壤分子微生物生态方面的研究深度和系统性在国内同类学科具有优先地位。近期发展的环境微生物稳定同位素原位研究技术，已引起国内外同行的广泛关注和浓厚兴趣。
（2）废弃物处理与资源化：本研究方向着眼于农牧业废弃物、城市生活垃圾、污水处理及水体污染等广泛领域，将研究和开发减轻和降低生态环境污染的废弃物无害化、资源化的新技术、新工艺、新材料和新产品作为研究重点。旨在寻求适合我国国情的废弃物处理与资源化技术体系。
（3）农业环境过程与全球变化：基于土壤学、生态学、植物学以及大气化学等多学科的交叉融合而形成的全球变化生物学，曾参与和主持了多项国内和国际的重大科研计划，已逐步形成自己的特色，主要研究方向有：大气氮沉降、酸雨生态效应、农田生态系统碳平衡、温室气体排放和生态化学计量学等。
（4）环境污染化学与生态修复：主要研究污染物在土壤、水、生物和大气中的形态、行为、效应和控制，研究不同形态的重金属、持久性有毒有机污染物、环境激素的环境行为及其对生态系统的影响。研究从微观到宏观、从静态到动态，体现了多学科交叉融合的特点。在根际土壤污染化学、污染农田土壤的生物修复利用、垃圾填埋区土壤、水和大气的环境效应等方面逐渐形成自己的特色，在基础研究和解决国家重大环境问题等方面发挥了积极作用。
（5）环境影响评价与规划：环境影响评价中心具有建设项目环境影响评价甲级资格证书，着眼于区域和企业建设项目的环境监测和环境影响评价；绿地环境设计与工程建设以及清洁环境与绿色农产品生产技术等方面的研究。
（6）新型环境材料研制：环境科学与工程系一个新的研究方向，旨在通过环境化学、环境工程和高分子化学等学科的交叉融合，研究和开发污染物处理工程中所需的新型膜分离材料，掌握大规模成膜技术和降低膜组件的生产成本。
环境科学与工程系注重将环境科学与环境工程的最新研究成果应用于生产实践，直接服务于国家和地方政府的环境管理部门，为环境管理决策提供科学依据。目前拥有广泛的国际合作网络，具有丰富的国际合作经验。同国外专家学者进行频繁的学术交流与共同合作，建立了一个相互交流信息并共同发展的国际合作网，不仅可以紧紧把握国际环境理论研究的前沿，而且还通过合作网络积极参与国际环境问题的解决。
环境科学与工程系在未来的发展道路上，将瞄准国际环境科学的发展前沿和中国环境与发展的实际需要，重点发展五个领域，即环境微生物学、全球变化生物学、环境污染化学、环境监测和管理以及环境污染治理与工程技术，以培养环境保护与可持续发展所需的复合型高层次人才为重点，通过不断创新和励精图治，使环境科学和工程系成为世界一流的环境科学研究和人才培养基地，成为我国可持续发展和环境决策的思想库，成为我国环境科学技术产业化的基地。